先天性畸形引起男性不育，常见者为陷睾与先天性尿道下裂。严重的尿道下裂可导致性交时精液溢于阴道之外，难以使配偶受孕。这种畸形不影响精液质量，可以做整形手术矫治。
陷睾引起不育，除了睾丸不在阴囊内，推动了调温环境，损害生精功能外，而且陷睾的发生和睾丸发育异常有关，所以单侧面陷睾的病人，其对侧面已经下降到阴囊内的睾丸也会有发育不全。
陷睾应尽早手术，但以何时手术为宜？在以前的泌尿外科教科书中，记载着手术不宜晚于9-11岁，现在这个要领已经更改。随着男科学的发展，对陷睾的病理生理有了更深入的研究，目前公认手术应在小儿2岁以前施行以使早期出现的组织形态改变得到尽早恢复。如果手术时机选择得当，手术方法正确，大部分小儿成人后是会具有生育能力的。
