滴虫性前列腺炎的临床症状与细菌性前列腺炎大致相同，可以表现出排尿终末时疼痛，会阴部钝痛，直肠坠胀等不适。急性发作时，还可以出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，甚至发热等全身症状。
滴虫性前列腺炎患者在门诊查出滴虫一般比较困难，即使取新鲜尿液标本或者前列腺标本进行显微镜检，也常常需要反复多次才能发现滴虫。加上门诊工作繁忙，医生又惯于以细菌性病因看待前列腺炎患者，而前列腺按摩取液时患者又有一定的痛苦，难以反复取样，因此，诊断相对困难。
不过，若发现这类既有前列腺炎的临床症状，抗生素治疗效果又不佳的患者，询问一下配偶有无阴道滴虫病史对诊断非常有益。由于男性的滴虫几乎无例外地来自女方的传染，而妇女进行阴道滴虫检查则既方便又准确，为此，应该动员她们接受这项检查。
另外，对配偶曾患滴虫"已愈"的男性来说，仍有患滴虫性前列腺炎的可能，因为夫妻双方通过性生活可以互相传染，使滴虫感染迁延不愈。因此，无论是男方直接查出滴虫，还是女方患有滴虫性阴道炎，夫妻双方都应该共同口服灭滴灵进行治疗，最好在医生的指导下用药，多能收到明显的疗效。
最后还要提及的是，滴虫性前列腺炎患者也可以合并细菌感染，在诊治过程中不应忽视这一因素，如果做前列腺液细菌培养可以发现有无细菌生长，有细菌病因者做药物敏感试验以选用抗生素同时治疗，则疗效将更为显著。
